請求書の仕訳で金額が合わない5つの場面｜手数料・値引き・相殺の処理

請求書と入金額が合わない5つの場面

請求書と入金額が合わない場面は、振込手数料・値引きと返品・相殺・一部入金と多すぎる入金・請求書の訂正の5つです。

5つの場面と、発行した側の仕訳の形は次の表のとおりです。

2023年4月から2026年9月までに、当社は請求書の発行代行を18社、受け取り・支払処理の代行を25社で担当しました。1社あたり月20〜150枚、全体で月約1,800枚を扱っています。

当社の判断では、差額は金額の大小ではなく「理由が分かるか」で扱いを分けます。理由が分かる差額はその科目へ、分からない差額は仮受金か売掛金の残りのまま置きます。

差額を見つけたときに、そのまま仕訳してよいか、取引先に確かめるかの分かれ目は次の表のとおりです。

1件の差額に2つの理由が重なるときは、確かめる順を決めておきます。当社の判断では、書面で根拠が残る理由から先に差し引くからです。

• 手数料の額が分かるなら、手数料の額を先に差し引いてください
• 残った額に値引きや相殺の書面があるなら、書面の額を次に差し引いてください
• それでも残る額は、一部入金として売掛金のまま残し、取引先に確かめてください

書面のない額を先に科目へ入れると、後から戻す仕訳が増えます。

振込手数料を引かれて入金されたときの仕訳

振込手数料を引かれて入金されたら、入金額を普通預金、引かれた額を売上値引か支払手数料にして、請求額の全額で売掛金を消します。

110,000円（税込）の請求に、440円の振込手数料を引いた109,560円が入金された例です。税込経理の会社の仕訳は次のとおりです。

国税庁は、売り手が負担する振込手数料を、売上値引として処理する方法と、支払手数料として処理する方法を示しています。売上値引として処理する場合、税込1万円未満の値引きは返還インボイスを交付しなくてよいとされています（国税庁 少額な返還インボイスの交付義務免除）。

振込手数料の額は、通常1万円未満です。そのため、売上値引で処理すれば返還インボイスの手間がかかりません。

• 手数料を売り手が負担する取り決めで、毎月同じ取引先から引かれるなら、売上値引で処理してください
• これまで支払手数料で処理してきて、税理士と処理を決めているなら、その処理を続けてください
• 手数料は買い手の負担と取り決めているのに引かれたなら、仕訳の前に取引先へ確かめてください
• 取適法の対象の取引で、2026年1月1日以降に受けた発注の代金から引かれたなら、発注者に満額の支払いを求めてください

取適法（2026年1月1日に下請法から変わった法律）では、振込手数料を差し引くこと自体が認められません。公正取引委員会は、中小受託事業者との合意の有無にかかわらず、振込手数料を負担させて代金から差し引くことは「減額」として違反になると示しています（公正取引委員会 取適法の確認ポイント 代金編）。取適法の対象かどうかは、委託の種類と、発注者と受注者の資本金や従業員数で決まります。

当社は2026年11月に、2つのAI（ChatGPT・Gemini）へ本記事の論点5問を聞き、答え10件を数えました。10件の答えのうち、公正取引委員会の資料にある「取適法」に触れたものは0件でした。

同じ調べでは、答えの出典に挙がったページは12件で、公的機関・学会・業界団体が1件でした。AIの答えだけで振込手数料の差し引きを受け入れず、上の公正取引委員会の資料で確かめてください。

支払う側は、請求額の全額で買掛金を消します。振込手数料を差し引いて振り込んでも、銀行に払った手数料と合わせて請求額の全額が出ていくためです。

例えば110,000円の買掛金を、440円を差し引いた109,560円で振り込む場合は、「買掛金 110,000円／普通預金 109,560円・仕入値引 440円」と入れます。売り手が売上値引で処理する取り決めと、対応させるためです。

差し引いてよいかが書面に無いときは、先に取引先と決めてください。自社が取適法の対象の取引の発注者なら、書面で合意していても差し引かずに満額を振り込みます。振込の手順は請求書を銀行振込で支払う手順にまとめました。

値引き・返品が出たときの仕訳

請求書を出した後に値引きや返品が決まったら、売上を直接減らさず、売上値引・売上戻りの科目で売掛金を減らします。

220,000円（税込）の請求のうち、22,000円分の返品が決まった例です。発行した側と受け取った側の仕訳は次のとおりです。

22,000円は税込1万円以上です。発行した側がインボイス発行事業者なら、返還インボイスを交付します。1万円未満の免除は、振込手数料だけでなく値引き・返品にも当てはまります（国税庁）。

科目の選び方は、次のとおりです。

• 請求した金額を下げる合意なら、売上値引で処理してください
• 品物が戻ってきたなら、売上戻りで処理してください
• 自社が免税事業者なら、返還インボイスの交付は要りません
• 受け取った側で、値引きの税額の扱いに迷うなら、税理士に聞いてください

売上を直接減らさない理由は、値引きと返品の件数と金額を月ごとに追えるからです。同じ取引先の返品が毎月続くなら、帳簿の科目から気づけます。

科目は、AIの答えだけで決めず、自社の帳簿と取引先との取り決めで確かめてください。

相殺・一部入金・多すぎる入金の仕訳

相殺は買掛金で、一部入金は入金額だけ売掛金を消し、多すぎる入金は多い分を仮受金に置いて仕訳します。

売掛金と買掛金を相殺したとき

同じ取引先に売掛金と買掛金があり、差額だけを受け取ると合意したら、買掛金と売掛金を相殺の仕訳で消します。

売掛金330,000円と買掛金110,000円を相殺し、差額220,000円が入金された例です。

相殺は代金の払い方の取り決めです。売上と仕入は、それぞれの請求書の金額で計上したままにします。相殺の合意は、取引先と取り交わした書面か、相殺の通知を請求書と一緒に保存してください。

一部だけ入金されたとき

請求額の一部だけが入金されたら、入金された額だけ売掛金を消し、残りは売掛金のまま残します。

110,000円の請求に55,000円が入金されたら、「普通預金 55,000円／売掛金 55,000円」と入れます。残りの55,000円は、次の入金予定日を摘要に書いて追いかけます。未回収の追い方は売掛金の管理方法で解説しています。

請求額より多く入金されたとき

請求額より多く入金されたら、請求額で売掛金を消し、多い分は仮受金に置いてから取引先に理由を確かめます。

110,000円の請求に115,000円が入金された例では、「普通預金 115,000円／売掛金 110,000円・仮受金 5,000円」です。理由が二重払いなら返金し、次回分の前払いなら前受金へ振り替えます。

発行した請求書を訂正するときの仕訳

発行した請求書の金額が誤っていたら、元の仕訳を逆の仕訳で取り消し、正しい金額で入れ直します。

インボイス発行事業者は、誤りのある請求書を交付した相手に、修正した請求書を交付します。修正した請求書は、全部を書き直す方法と、元の請求書との関係と直した箇所を示す方法のどちらでもかまいません（国税庁 インボイスQ&A 問33）。修正した請求書を出した会社は、当初の請求書の写しと修正した請求書の写しを保存します。

受け取った側は、届いた請求書に自分で書き足して直すことは原則できません。発行元に修正した請求書を頼んでください。記載事項の確かめ方は適格請求書の要件6項目にまとめています。テンプレートの漏れはインボイス制度の請求書テンプレート無料版で漏れる3場面で扱っています。

差額の仕訳で起きやすい失敗と避け方

請求書の差額の仕訳で起きる失敗は、差額の理由を確かめずに科目を決めたときに起きます。

インボイス側の注意点はインボイス制度の外注費にまとめています。

差額をまとめて雑損失や雑収入にする処理はNGです。取引先ごとの未回収と値引きの合計が、帳簿から追えなくなります。

差額に限らない集計では、当社は2023年4月から2026年9月までに、経理代行で担当した7社で仕訳の誤りを直しました。直した誤りは年間約90件で、外注費と給与の区分が約40件、備品の消耗品処理が約25件です。前払費用の計上漏れが約15件、源泉徴収の漏れが約10件でした。

約90件の誤りは、差額そのものではなく科目の区分の誤りです。差額の仕訳でも、理由を確かめずに科目を決めると、同じ直しが起きます。

失敗1: 理由を確かめずに科目を決めた（建設業の例）

• 起きることは、科目の扱いを後から直す仕訳が増えることです。建設業の会社3社の経理代行で、実際に直した仕訳の誤りは接待交際費の扱いでした。差額の仕訳に限らない例ですが、原因は同じです。
• 原因は、取引の理由を確かめる前に、科目を決めたことです。
• 避け方は、差額の理由が分かるまで、売掛金か仮受金に置いたままにすることです。

失敗2: 登録番号の無い請求書の税額を、そのまま入れた

差額に限らない集計では、当社は2023年4月から2026年9月までに、インボイス制度に22社で対応しました。起きた問題は、登録番号の記載が無い請求書の受け取りが約30件、経過措置の税率の計算ミスが約12件です。

• 起きることは、控除できない額まで仮払消費税に入れ、申告の前に仕訳をまとめて直すことです。
• 原因は、受け取った請求書の消費税額を、登録番号を見ずに入力したことです。
• 避け方は、受け取った日に登録番号を確かめ、無い請求書だけ税区分を分けて入れることです。

差額の仕訳を自社で続ける会社・任せる会社

差額の仕訳を自社で続けるか外へ任せるかは、月の請求書の枚数と、差額の理由を確かめる時間で決めてください。

月20枚は、当社が請求書の代行を担当する1社あたりの枚数（月20〜150枚）の下限です。当社の判断では、これに届かない会社は、差額のある入金が少なく、確かめの時間が膨らみにくいからです。 月20枚以上でも、差額の理由が振込手数料だけなら、任せる必要はありません。

差額の確かめにかかる時間は、「差額のある入金の件数×1件の確かめ時間」で出せます。例えば差額のある入金が月10件で、1件の確かめに15分かかる会社なら、月2.5時間です。この時間に担当者の1時間あたりの社内コストを掛けた額が見積りの費用より低いなら、自社で続けてください。

例えば月10時間かかる会社なら、1年で120時間になります。その時間を締めの前倒しや入金の催促に回せるかが、任せるかの境目です。

差額の確かめにかかる時間が締めを遅らせているかを、まず先月の入金で数えてください。日付・取引先・請求額・入金額・差額・理由の6列に書き出すと、数えられます。

書き出した理由が1種類だけなら自社で続け、値引き・相殺・多すぎる入金など2種類以上が毎月混ざるなら、任せる範囲を決めます。

任せる費用は、上の時間と比べて決めます。当社の判断では、見積りの費用が確かめ時間の社内コストを下回らないなら、自社で続けます。差額の確かめより入力の手間が大きいなら、任せる前に銀行連携で入力を減らす手が先です（下記の15社の例）。

• 差額が振込手数料だけなら、会計ソフトの銀行連携と消込の機能を先に整えてください
• 値引き・返品・相殺が毎月混ざるなら、取り決めの一覧を作り、突き合わせを任せる範囲を決めてください
• 請求書や入金の記録が手元にそろわないなら、外に任せるのは見送り、先に書類を集める仕組みを作ってください

差額の対応が複数に当てはまる会社は、「記録が手元にそろわない」の対応を先にしてください。記録がそろわないと、自社で続けても任せても差額の理由を確かめられないためです。月20枚未満かどうかは、その次に見ます。

税務の判断は、次のように分けます。

• 振込手数料・一部入金・相殺の仕訳なら、自社で決めてよいです
• 値引きの税率や、返還インボイスの要否で迷うなら、税理士に聞いてください

税理士へ持っていくのは、差額の一覧、取引先との取り決めの書面、請求書の写しの3点です。

任せ先を探すときは、AIの答えの出典も参考になります。経理代行全般の調べとして、当社は2026年10月に、2つのAI（ChatGPT・Claude）へ経理代行・記帳代行に関する質問を50問聞き、答えの出典668件を種類ごとに数えました。

経理代行会社を探す質問では、出典の28.8%が比較・紹介サイト、56.1%が経理代行会社の公式サイトでした（業種調査）。比較サイトだけでなく、公式サイトの料金や対応範囲も見て決めてください。

差額の仕訳では、税務の判断は税理士、突き合わせと入力は当社、と分けると迷いません。手がいっぱいの税理士事務所から、業務を分担できないかという問い合わせがあり、業務を分担する提携を結んだのも、この分け方が理由です。

差額の仕訳でも、手入力を減らすだけで済む会社はあります。2023年4月から2026年9月までに銀行・カードの連携とExcelの手入力からの切り替えを行った15社では、入力作業が月平均20時間から6時間になりました。

任せても合わない会社もあります。同じ期間に経理代行の依頼をお断りした・合わなかった例は7件でした。理由は、現金取引が中心で証憑がそろわない（3件）、決算直前の丸投げで期限に間に合わない（2件）、税務の判断まで求められた（2件）です。

経理担当が1人で、その人が辞めると差額の理由を誰も追えなくなる会社は、任せる範囲を早めに決めてください。経理担当が離職した大手コンサル会社から、経理BPOを導入したいという問い合わせがあり、契約を結んだのは、この状態でした。

経理代行を担当した9社では、月次の締めが平均で翌月20日から翌月8日に、約12日早まりました（2023年4月〜2026年9月。最も早い会社は翌月5日）。費用の目安は記帳代行の費用相場をご覧ください。個人事業主の外注費の請求書は個人事業主の外注費の請求書で見落とす3点で扱っています。

よくある質問

まとめ: 請求書の差額は、理由を確かめてから科目を分ける

請求書の仕訳で金額が合わないときは、差額の理由を確かめ、振込手数料・値引きと返品・相殺・一部入金と多すぎる入金・訂正のどれかに分けて仕訳します。売掛金と買掛金は請求額の全額で消し、理由の分からない差額は売掛金か仮受金に残します。

まず、先月の入金のうち請求額と合わなかったものを書き出し、差額の理由を1件ずつ確かめてください。理由の分からない差額が残っていれば、取引先に確かめてから仕訳を直します。

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